Il Museo Archeologico Paolo Giovio è ospitato all’interno di Palazzo Giovio che fu la residenza cittadina dei Conti Giovio. Nel 1894, allo scopo di installarvi il civico museo e l’archivio notarile, il palazzo fu preso in affitto dal Comune di Como che lo acquistò poi nel 1913.

L’edificio, risalente al tardo medioevo, subì alcune modifiche nel XVI secolo per opera di Benedetto Giovio ma assunse l’aspetto attuale, che risponde ai canoni del barocchetto lombardo, nel XVIII secolo con Giovan Battista che fece aprire grandi finestre nella facciata e creò una loggia sopra al portone.

La tipologia  oggi riconoscibile è quella a U, composta da un corpo prospiciente l’area pubblica e da due ali che all’interno definiscono una corte, aperta sul quarto lato. Tale tipologia è giustificata  dalla presenza, sul retro, del terrapieno delle mura romane e medievali, che si prestava ad essere sfruttato come giardino terrazzato.

Agli ultimi decenni del Settecento risale la sistemazione del giardino, con la realizzazione della scalinata e del ninfeo.

Gli affreschi del piano nobile rispecchiano i gusti del Settecento: la “sala Perrone” è interamente decorata con scene mitologiche tratte da quadri famosi ad opera di Giovan Battista Rdoriguez; accanto vi è la sala da musica, “sala Barelli” decorata da quadrature architettoniche realizzate da Giuseppe Coduri detto il Vignoli; altre tele del Rodrigues sono collocate nella “sala Giovio”. La “sala delle nozze” conserva una serie di affreschi realizzati da Giovanni Battista Ronchelli in onore del matrimonio del Conte Giovio con Chiara Parravicini.

Il museo venne inaugurato nel 1897 e le raccolte erano costituite da materiali molto eterogenei, ai quali si diede una migliore sistemazine nel corso degli anni con l’acquisizione di nuovi spazi, a partire dall’istituzione nel 1932 del Museo Storico fino all’apertura della Pinacoteca civica nel 1989 e agli ultimi lavori di restauro e riallestimento.

L’incremento delle collezioni fu molto rapido fin dall’inizio del secolo, grazie all’opera di illustri studiosi e ricercatori locali, ma anche grazie a importanti donazioni. Il Museo continua ad incrementare le collezioni grazie all’attività  di scavo.